Μουσικά δηλώνει αυτοδίδακτος και παίζει λίγο απ” όλα. Πρώτες προσπάθειες στο χώρο της μουσικής έγιναν με το σχήμα «Χαρούμενη Κουδουνίστρα» όταν ακόμα ήταν στο Γυμνάσιο. Στα μέσα με τέλη της δεκαετίας του 1970 σχηματίστηκαν οι Μουσικές Ταξιαρχίες από τον Τζίμη Πανούση (φωνή, στίχοι, μουσική) και τους Σπύρο Πάζιο (κιθάρα, synthesizer, έγχορδα), Γιάννη Δρόλαπα (ηλεκτρική κιθάρα), Βαγγέλη Βέκιο (τύμπανα) και Δημήτρη Δασκαλοθανάση (μπάσο). Στη συνέχεια προστέθηκε και ο Van Svarnas (σαξόφωνο).

Η πρώτη τους εμφάνιση σε κοινό έγινε το 1980 στο «Skylab» στην Πλάκα, ενώ η πρώτη τους δισκογραφική δουλειά είναι ο δίσκος Μουσικές Ταξιαρχίες που κυκλοφόρησε από την MINOS-EMI το 1982. Νωρίτερα (το 1980) είχε κυκλοφορήσει μία ανεξάρτητη παραγωγή σε κασέτα, το «Disco Tsoutsouni».

Ακολούθησαν οι δίσκοι Αν η Γιαγιά μου είχε Ρουλεμάν (1984) και Hard Core (ζωντανή ηχογράφηση, 1985). Το 1983 οι Μουσικές Ταξιαρχίες καμουφλάρονται κάτω από το όνομα Alamana’s Bridge (= Γέφυρα της Αλαμάνας) και συμμετέχουν στο δίσκο-συλλογή ελληνικού ροκ Made in Greece Vol.1, παρά τις αντιρρήσεις της τότε δισκογραφικής τους εταιρείας. Από τον επόμενο δίσκο «Κάγκελα Παντού» (1986) ο Πανούσης αποφασίζει να συνεχίσει μόνος του.

Σόλο καριέρα

Το 1987 κυκλοφορεί ο τελευταίος δίσκος από την MINOS-EMI «Χημεία και Τέρατα». Οι επόμενοι δύο δίσκοι «Δουλειές του Κεφαλιού» / The Greatest Kitsch Live! (1990) και «Ο Ρομπέν των Χαζών» (ζωντανή ηχογράφηση, 1992) κυκλοφορούν από την Music Box International, ενώ το «Vivere Pericolosamente» από την Warner το 1993. Η επόμενη δισκογραφική του δουλειά κυκλοφόρησε εφτά χρόνια μετά, το 2000, με τίτλο «Με Λένε Πόπη» (ζωντανή ηχογράφηση). Κυκλοφόρησε επίσης μαζί με το περιοδικό Μετρό το 2002 το ολιγόλεπτο CD «Δείγμα Δωρεάν» με ακυκλοφόρητα τραγούδια από τις τελευταίες παραστάσεις του.

Στις 20 Γενάρη του 2009 κυκλοφόρησε ένα διπλό DVD με ζωντανή κινηματογράφηση της παράστασης «Της Πατρίδας μου η Σημαία», που δόθηκε το 2008 στο Γυάλινο Μουσικό Θέατρο.

Την άνοιξη του 2015 οι Μουσικές Ταξιαρχίες επανενώθηκαν για μια σειρά εμφανίσεων στο Κύτταρο μετά από 30 χρόνια απουσίας.

Πέρα από τη μουσική o Τζίμης Πανούσης έχει ασχοληθεί κατά καιρούς με το ραδιόφωνο, την τηλεόραση και λιγότερο με τον κινηματογράφο. Έχει μια δεκαπεντάχρονη ιστορία σαν ραδιοφωνικός παραγωγός στους ραδιοσταθμούς Top FM, Κανάλι 15, Ωχ FM, Flash 9.65, 88 μισό Θεσσαλονίκης, ΣΚΑΪ 100.3FM, City FM 99.5. Η τηλεοπτική εκπομπή του Κορίτσια ο Τζίμης που επρόκειτο να μεταδοθεί από την τότε ΕΤ2 το 1995 τελικά «κόπηκε», ωστόσο στιγμιότυπά της έχουν κατά καιρούς παρουσιάσει κατά τη διάρκεια τηλεοπτικών συνεντεύξεών του. Έχει εμφανιστεί έκτακτα σε τηλεοπτικές σειρές όπως οι Δέκα Μικροί Μήτσοι του Λάκη Λαζόπουλου. Στον κινηματογράφο, έχει πρωταγωνιστήσει στην ταινία Ο δράκουλας των Εξαρχείων (1981) του Νίκου Ζερβού μαζί με τις υπόλοιπες Μουσικές Ταξιαρχίες και έχει εμφανιστεί ως γκεστ σταρ στις ταινίες Ηνίοχος (1995) του Αλέξη Δαμιανού, Προστάτης Οικογένειας (1997) του Νίκου Περάκη και Safe Sex (1999) των Μ. Ρέππα – Θ. Παπαθανασίου.

Έχουν εκδοθεί έξι βιβλία του Πανούση, κυρίως βασισμένα στις ραδιοφωνικές του εκπομπές. Πρώτο ήταν το Η Ζάλη των Τάξεων (Γνώσεις, 1989) που περιέχει 40 ιστορίες ραδιοφωνικής φαντασίας που ακούστηκαν από την εκπομπή «Δούρειος Ήχος» στον Top FM την περίοδο 1988-89, ακολούθησαν τα Πικρέ, Μικρέ Μου Αράπη (Opera, 1990) που είναι μια σαπουνόπερα 22 επεισοδίων που ακούστηκε από τον «Δούρειο Ήχο» το καλοκαίρι του 1989 και Το Κυνήγι της Γκόμενας (Opera, 1992) που αποτελείται από 30 σύντομες γυναικείες βιογραφίες.

Το 1996 κυκλοφόρησε το Υγιεινή Διαστροφή (Opera), για τα 20 χρόνια της παρουσίας του, που συμπεριλαμβάνει την έκδοση σε CD του Disco Tsoutsouni και περιέχει το σύνολο των στίχων των τραγουδιών του μέχρι τότε καθώς και συνεντεύξεις, γκάλοπ κ.α. Τον Ιανουάριο του 2002 παρουσίασε στο περιοδικό ΜΕΤΡΟ τον «εναλλακτικό Καζαμία 2002″ με τον τίτλο «Μωρόν λαβέ» ντυμένος με μαντήλα τύπου Παλαιάς Διαθήκης κρατώντας κούκλα βρέφους, τυλιγμένο με την αστερόεσσα. Στο ίδιο το αφιέρωμα φέρεται και με στολή του Άη Βασίλη με εξάρτυση Αφγανού τρομοκράτη ν΄ αναφωνεί το σύνθημα για την Καμπούλ: «Μπόμπα – τσόντα και καμπάνα» αποκαλώντας την ισλαμική μαντήλα μπούργκα «παραδοσιακό ταλιμπανιστήρι».

To 2005 κυκλοφόρησαν ταυτόχρονα ακόμα δύο βιβλία του από τις εκδόσεις Opera με τίτλους Μικροαστική Καταστροφή και Πούστευε και Μη Ερεύνα, ενώ το 2010 κυκλοφόρησε το πολύτομο έργο «Ο Στάλιν σκέφτεται για σένα στο Κρεμλίνο». Το 2011 παρουσίαζε καθημερινή ημίωρη ραδιοφωνική εκπομπή σατιρίζοντας πολιτικά γεγονότα με τον τίτλο «Δούρειος ήχος», με εναρκτήρια ατάκα «Αμερικανοτσολιάδες, ελβετόψυχοι, αλήτες, ρουφιάνοι, δημοσιογράφοι, ελεύθεροι πολιορκημένοι επαγγελματίες ήλθεν η ώραν σας» – «Αβάντι πόμολο !» (με μουσική υπόκρουση το «Αβάντι Πόπολο»).